土地の売却に税金はいくらかかる？ケース別のシミュレーションと特例を紹介

土地の売却には、さまざまな税金がかかることをご存知でしょうか。売却時にかかる税金の正しい知識を理解していなければ、土地を売却した際の出費が増え、手取り額が減ってしまうかもしれません。

この記事では、土地の売却にかかる税金について解説します。また、ケース別のシミュレーションも行っているので、売却時の参考にしてください。この記事を参考に、土地売却にかかる税金の全体像を理解し、より具体的な資金計画を立てられるようにしましょう。

土地の売却時にかかる税金の種類

土地を売却する際にかかる税金には、次の4つが挙げられます。

• 印紙税

• 登録免許税

• 消費税

• 所得税・住民税

それぞれの税金について詳しく解説します。

売買契約時に支払う印紙税

1つ目の税金は、売買契約書に貼付する印紙税です。印紙税とは、特定の書類を作成した際にかかる税金のことです。印紙税は、売買契約書に記載されている物件価格によって税額が異なります。

※この表は、平成26年4月1日から令和9年3月31日までの間に作成される契約書についての、印紙税税額の軽減が適用された場合の金額です。

引用：国税庁「No.7108 不動産の譲渡、建設工事の請負に関する契約書に係る印紙税の軽減措置」

印紙税は、売買契約書に収入印紙を貼付し、割印をすることで納税されたとみなされます。収入印紙は郵便局や法務局で取得できますが、担当者が用意することもあるため、誰が準備するのかを事前に確認しておきましょう。

土地の引渡時に支払う登録免許税

土地の売却にかかる2つ目の税金は、引渡時の登録免許税です。登録免許税とは、土地や建物の登記の際に課税される税金のことで、不動産1つにつき1,000円がかかります。

売却時の登録免許税は、住宅ローンの抵当権を抹消する際に発生します。抵当権とは、住宅ローンを組んだ際に金融機関が土地を担保として設定する権利で、抵当権を抹消しなければ土地を引き渡すことができません。

たとえば、2筆に分かれた土地（抵当権つき）を売却する場合、抵当権抹消の登録免許税として2,000円が課税されます。さらに、登記業務を司法書士に代行する場合は、司法書士への報酬が上乗せされます。法書士への報酬の相場は、1〜2万円が相場とされています。

各種手数料の消費税

土地売却では、各種手数料の消費税も課税されます。消費税がかかる手数料として、以下が挙げられます。

• 仲介手数料

• 司法書士の報酬

• 金融機関の住宅ローン完済手数料

仲介手数料は、物件価格によって金額が異なります。

物件価格別の仲介手数料は以下のとおりです。

• 物件価格3,000万円の場合：105万6,000円（うち消費税9万6,000円）

• 物件価格5,000万円の場合：171万6,000円（うち消費税15万6,000円）

• 物件価格8,000万円の場合：270万6,000円（うち消費税24万6,000円）

また、金融機関の住宅ローン完済手数料は、無料〜5万円程度です。

ただし、登記業務を自ら行う場合は司法書士の報酬が、住宅ローンが残っていなければ完済手数料はかかりません。資金計画を適切に立てるためにも、自分にどの手数料がかかるのかを、事前にチェックしておく必要があるでしょう。

売却の翌年に支払う所得税と住民税

土地を売却したことで利益が出た場合、「譲渡所得税」と「住民税」が発生します。これらの税金は、利益額や土地の所有期間によって額が異なります。税率と計算方法は、次のとおりです。

【譲渡所得税と住民税の計算式】

• 譲渡所得＝売却金額−取得費（購入金額）−譲渡費用−特別控除額

• 譲渡所得税＝譲渡所得✕税率

※譲渡費用とは、マンション売却にかかった仲介手数料などの費用を指します。

たとえば、自宅として2,500万円で購入したマンションを6,000万円で売却し、譲渡費用が200万円かかった場合は以下のようになります。※購入して7年で売却

• 6,000万円−2,500万円−200万円−3,000万円（居住用財産の3,000万円特別控除）＝300万円（譲渡費用）

• 300万円（譲渡所得）✕20.315％（長期譲渡所得）＝60万9,450円（納税額）

土地売却にかかる所得税は、売却した翌年の確定申告の期間中に支払います。確定申告の時期は2月16日から3月15日です。住民税は、申告をした5月以降に市区町村から納付書が送られてきます。

土地売却の税金シミュレーション

ここからは、土地売却を3つのケースに分けてシミュレーションしてみましょう。※ここで紹介するシミュレーション金額は、適用条件や時期などによって異なる可能性があります。あくまで目安としてご理解ください。

ケース1：売却益が出たケース

【シミュレーション前提】

• 2017年3月にマイホームとして購入した土地を2024年6月に売却

• 取得費（購入金額＋諸費用）：3,500万円（住宅ローンを利用）

• 売却金額：8,000万円

• 譲渡費用：300万円

• 土地4筆

• 自ら登記業務を行う

• 金融機関への完済手数料5万円（税別）

1. 8,000万円（売却金額）−300万円（譲渡費用）−3,500万円（取得費）＝4,200万円（譲渡所得）

2. 4,200万円−3,000万円（居住用財産の3,000万円特別控除）＝1,200万円

3. 1,200万円✕20.315％（長期譲渡所得）＝243万7,800円（譲渡所得税）

このケースでは、土地売却により4,200万円の利益を得ましたが、「居住用財産の3,000万円特別控除」の適用により譲渡所得が1,200万円まで抑えられました。また、所有期間が5年以上のため、長期譲渡所得税率（20.315％）が適用されました。

それ以外の税金は以下のとおりです。

• 印紙税：3万円（売却金額が「5,000万円を超え1億円以下」のため）

• 登録免許税：4,000円（土地が4筆のため）

• 仲介手数料にかかる税金：24万6,000円（8,000万円✕3％＋6万円の消費税）

• 金融機関への完済手数料の消費税：5,000円（5万円の消費税）

243万7,800円（譲渡所得税）＋3万円（印紙税）＋4,000円（登録免許税）＋24万6,000円（仲介手数料にかかる税金）＋5,000円（金融機関への完済手数料の消費税）＝272万2,800円

このケースでは、合計272万2,800円の税金がかかりました。

ケース2：取得費が不明なケース

土地売却において、取得費（購入金額や諸費用）が不明の場合は、売却金額の5％を取得費として計算します。

【シミュレーション前提】

• 2015年3月にマイホームとして購入した土地を2024年6月に売却

• 取得費（購入金額＋諸費用）：240万円（5,000万円−200万円の5％）

• 売却金額：5,000万円

• 譲渡費用：200万円

• 土地2筆

• 自ら登記業務を行う

• 住宅ローン利用なし

1. 5,000万円（売却金額）−200万円（譲渡費用）−240万円（取得費）＝4,560万円（譲渡所得）

2. 4,560万円−3,000万円（居住用財産の3,000万円特別控除）＝1,560万円

3. 1,560万円✕20.315％（長期譲渡所得）＝316万9,140円（譲渡所得税）

このケースでも「居住用財産の3,000万円特別控除」の適用が適用され、譲渡所得が1,560万円まで抑えられました。また、所有期間が5年以上のため、長期譲渡所得税率（20.315％）が適用されています。

それ以外の税金は以下のとおりです。

• 印紙税：1万円（売却金額が「1,000万円を超え5,000万円以下」のため）

• 登録免許税：なし（抵当権抹消が不要のため）

• 仲介手数料にかかる税金：15万6,000円（5,000万円✕3％＋6万円の消費税）

• 金融機関への完済手数料の消費税：なし

316万9,140円（譲渡所得税）＋1万円（印紙税）＋15万6,000円（仲介手数料にかかる税金）＝333万5,140円

このケースでは、合計333万5,140円の税金がかかりました。

ケース3：土地を相続したケース

土地を相続して3年が経過する12月31日までに売却する場合、相続空き家の3,000万円特別控除が適用されます。

【シミュレーション前提】

• 2022年3月に相続した土地を2024年6月に売却

• 取得費（購入金額＋諸費用）：1,500万円（被相続人が1995年5月に購入）

• 売却金額：4,000万円

• 譲渡費用：200万円

• 土地1筆

• 住宅ローン利用なし

• 司法書士への報酬：2万円（税別）

1. 4,000万円（売却金額）−200万円（譲渡費用）−1,500万円（取得費）＝2,300万円（譲渡所得）

2. 2,300万円−3,000万円（相続空き家の3,000万円特別控除）＝▲700万円

このケースでは、「相続空き家の3,000万円特別控除」が適用され、譲渡所得がマイナス700万円となったため、譲渡所得税はかかりません。

それ以外の税金は以下のとおりです。

• 印紙税：1万円（売却金額が「1,000万円を超え5,000万円以下」のため）

• 登録免許税：なし（抵当権抹消が不要のため）

• 仲介手数料にかかる税金：12万6,000円（4,000万円✕3％＋6万円の消費税）

• 金融機関への完済手数料の消費税：なし

• 司法書士への報酬の消費税：2,000円（2万円の消費税）

1万円（印紙税）＋12万6,000円（仲介手数料にかかる税金）＋2,000円（司法書士への報酬の消費税）＝13万8,000円

このケースでは、合計13万8,000円の税金がかかりました。

土地を売却する際に活用したい特例3選

土地の売却では、ケースによって以下の特例が利用できます。

• 3,000万円特別控除の特例

• マイホームを売ったときの軽減税率の特例

• 相続空き家の3,000万円特別控除

税金を抑えることができる上記の特例を、詳しく解説します。

3,000万円特別控除の特例

土地売却時に活用したい1つ目の特例は、「3,000万円特別控除の特例」です。3,000万円特別控除の特例とは、マイホームを売却した際に得た利益から最大3,000万円を控除できる精度です。この特例を利用することで、3,000万円までの譲渡所得を0に抑えられるので、土地売却の大幅な節税が期待できます。

3,000万円特別控除の特例が適用される主な条件は、以下のとおりです。

• 住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売ること

• 売却した土地が居住用の敷地であること

• 売った年、その前年および前々年にマイホームの買換えやマイホームの交換の特例の適用を受けていないこと

参考：国税庁「No.3302 マイホームを売ったときの特例」

たとえば、2,000万円で購入したマイホーム用の敷地を3,000万円で売却し、譲渡所得が1,000万円発生した場合、居住用財産の3,000万円特別控除を利用すれば譲渡所得が▲2,000万円となり、納税額はなしとなります。

3,000万円特別控除の特例の注意点は、住宅ローン控除と併用することができないことです。そのため、「住み替え先の住宅ローン控除額」と「3,000万円特別控除の特例により抑えられる納税額」のどちらの節税効果が高いのかを比較検討するシミュレーションが重要です。

マイホームを売ったときの軽減税率の特例

マイホームを売ったときの軽減税率の特例とは、土地の所有期間が10年以上の場合に譲渡所得税率の軽減を受けられる特例です。短期譲渡所得、長期譲渡所得とマイホームを売ったときの軽減税率の特例を比較した表は以下のとおりです。

土地売却でこの特例を利用するためには、主に以下の要件を満たす必要があります。

• 建物を取り壊して1年以内に売買契約を締結する

• 住まなくなった日から3年を経過する日の属する年末までに売却する

参考：国税庁「No.3305 マイホームを売ったときの軽減税率の特例」

また、この他にも適用条件があるため、事前に確認するようにしましょう。

土地売却により、3,000万円の利益が出た場合、マイホームを売ったときの軽減税率の特例を利用すると以下のような違いが出ます。

• 所有期間が10年以下の場合：3,000万円✕20.315％＝609万4,500円

• 所有期間が10年超の場合：3000万円✕14.21％＝426万3,000円

所有期間が異なることで、譲渡所得税額に約180万円の差が出ました。さらに、マイホームを売ったときの軽減税率の特例は、居住用財産の3,000万円特別控除との併用ができるため、これらの特例をうまく併用して節税効果を最大限に享受しましょう。

相続空き家の3,000万円特別控除

相続した土地を売却する場合は、「相続空き家の3,000万円特別控除」を活用しましょう。相続空き家の3,000万円特別控除とは、相続した土地を売却した際の譲渡所得から最大3,000万円が控除される制度です。

相続空き家の3,000万円特別控除を受けるための主な要件は次のとおりです。

• 相続や遺贈により被相続人居住用敷地を取得した

• 相続開始直前まで敷地を住居として利用していた

• 相続開始日から3年が経過する12月31日までに売却する

• 譲渡価格が1億円以下である

参考：国税庁「No.3306 被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例」

注意点は、マイホームに適用される「3,000万円特別控除の特例」と同一年内に併用する場合は、合計3,000万円までしか控除されない点です。相続により土地を取得した場合は、この特例を利用できるよう早めの売却を心がけましょう。

土地売却で税金の負担をできるだけ抑える3つのコツ

土地売却にかかる税金を少しでも抑えたい場合は、特例を利用すると同時に以下のポイントを意識すると良いでしょう。

• 所有期間5年以上で売却する

• 抵当権抹消登記を自ら行う

• 取得費を適切に算出する

ここからは、それぞれのポイントを詳しく解説します。

所有期間5年以上で売却する

税金を抑える1つ目のポイントは、譲渡所得税率を下げるために所有期間5年以上で売却することです。所有期間が異なるだけで100万円以上の差が出ることもあります。

一例として、譲渡所得500万円が発生したの譲渡所得税を計算してみましょう。

• 長期譲渡所得の場合（39.63％）：198万1,500円

• 短期譲渡所得の場合（20.315％）：101万5,750円

このように、所有期間が5年を超えるかどうかで100万円近い差が生まれました。

また、このケースでは所有期間の計算方法について注意が必要です。短期譲渡所得とは譲渡した年の「1月1日時点の所有期間が5年以下」を指すため、実際の所有期間より短く計算されることがあります。

たとえば、2019年4月1日に購入した不動産を2024年6月1日に売却した場合、カレンダー上での所有期間は5年2ヶ月です。しかし「譲渡した年の1月1日時点の所有期間」で計算すると所有期間は4年8ヶ月になるため、短期譲渡所得の扱いになってしまうのです。所有期間に気をつけて土地売却を検討しましょう。

抵当権抹消登記を自ら行う

抵当権抹消登記を自ら行うことで、司法書士に支払う報酬による出費を抑えられます。日本司法書士連合会による平成30年の報酬アンケートでは、抵当権抹消登記の報酬平均は以下のとおりとなりました。

画像引用：日本司法書士連合会「報酬アンケート結果（2018年（平成30年）1月実施）」

エリアによる違いはあるものの、司法書士報酬の平均は13,000〜18,000円程度です。もし抵当権抹消を自ら行うと、この分の費用を支払う必要がなくなり、不動産1つにつき1,000円の登録免許税や登記事項証明書の取得費用の数百円のみで抹消登記が可能です。

ただし、自ら抵当権抹消手続きを行う場合、用意する書類や管轄の法務局、住所が変わっていたケースの手続き方法などを調べなければいけません。素人にとって抵当権抹消は簡単な作業ではないため、自ら登記を行う場合は事前準備を怠らないようにしましょう。

取得費を適切に算出する

土地売却の税金を抑えるためには、取得費を適切に算出することが重要です。取得費を正確に算出することで売却価格から引ける金額が増え、譲渡所得を抑えられるのです。

取得費となるものには、主に以下が挙げられます。

• 土地の購入代金

• 仲介手数料

• 購入時に支払った税金

• 一定の借入金利子

取得費が不明の場合、売却価格の5％を取得費として計算することになります。その場合、取得費が明確なケースと比べて高額になることがほとんどです。そのため、売却時の取得費を正確に算出できるように、購入した際の売買契約書や物件概要書、パンフレットなどをかならず残しておくようにしましょう。

まとめ

この記事では、土地を売却した際の税金について解説しました。土地の売却時にかかる税金として「印紙税」「登録免許税」「手数料の消費税」「所得税・住民税」がかかります。また、「3,000万円特別控除の特例」や「マイホームを売ったときの軽減税率の特例」など、売却時に活用できる特例を把握しておけば、譲渡所得税を抑えることができるでしょう。

土地売却には、さまざまな税金がかかります。売却による手取りを少しでも増やしたい人は、税金についての正しい知識を理解して、特例をうまく活用することが重要です。